108.000 hektar.  Namun, sejak keluarnya SK Kemnhut No. 121 tahun 2012, maka luas TNBG menjadi 72.150 hektar.  Kawasan hutan seluas 36.162 hektar yang dikeluarkan dari TNBG  masing-masing berfungsi untuk hutan lindung seluas 15.700 hektar dan sebagai hutan produksi terbatas seluas 20.462 hektar.

Ditetapkan sebagai taman nasional oleh Menteri Kehutanan pada Tanggal 29 April 2004 melalui KepMenHut No. 126/Kpts-II/2004.  Putusan MA bernomor 29 P/HUM/2004 memenangkan permohonan uji materiil yang diajukan oleh PT Sorikmas Mining (SM). Putusan itu memerintahkan kepada Menhut untuk mencabut SK-126/MENHUT-II/2004 tanggal 29 April 2004 Tentang Perubahan Fungsi dan Penunjukan Hutan Lindung, Hutan Produksi Terbatas Dan Hutan Produksi Tetap menjadi Taman Nasional.

Akibat adanya variasi geomorfologis, memiliki konsekuensi di kawasan Taman Nasional Batang Gadis mengandung variasi-variasi habitat yang kaya, seperti hutan rawa dataran tinggi, lahan basah, lembah sungai, hutan gamping, hutan dataran rendah perbukitan dan hutan pegunungan.Berdasarkan penyebaran vegetasi, kawasan TNBG dikategorikan menjadi 2 sub-tipe formasi hutan. Pertama, sub-tipe Formasi Air Bangis – Singkil yang menjadi bagian dari tipe Formasi Bukit Barisan Barat perbukitan berelevasi menengah (300 sampai 1000 meter dpl). Kedua, sub-tipe Hutan Montana (1000 – 1800 meter dpl) yang menjadi bagian dari tipe Formasi Bukit Barisan di atas 1000 meter dpl. Berdasarkan analisa peta citra satelit, diantaranya, 50 % atau sekitar 53.000 Ha merupakan hutan dataran rendah dengan Sub-tipe Formasi Air Bangis – Singkil.

Berdasarkan hasil penelitian flora oleh CI, dalam petak penelitian seluas 200 meter persegi terdapat 242 jenis tumbuhan berpembuluh (vascular plant) yang terdiri dari 47 suku atau sekitar 1% dari flora yang ada di Indonesia (sekitar 25.000 jenis tumbuhan berpembuluh yang ada di Indonesia). Selain itu, diternukan juga bunga langka dan dilindungi yaitu bunga Padma (Rafflesia sp.) jenis baru.Keluarga Dipterocarpaceae (meranti-merantian) adalah yang terbanyak ditemukan di dalam kawasan, dengan jenis yang menonjol adalah Shorea gibbosa Brandis, Hopea beccarianaBurck, Shorea acuminata Dyer, Dipterocarpus palembanicus Sloot, Hopea nigra Burck danShorea parvifolia Dyer. Hopea nigra Burck yang dilaporkan jarang dan hanya terdapat di Bangka dan Belitung termasuk salah satu dari 10 jenis utama di TNBG. Jenis Aglaia ganggoMiq., Hopea nigra Burck, Shorea gibbosa Brandis, Shorea platyclados Sloot. ex Foxw., Vatica perakensis King, Vatica mangachapoi Blco, Anisoptera costata Korth., Shorea acuminata Dyer dan Hopea beccariana Burck adalah jenis yang masuk Daftar Status Merah IUCN (IUCN Red List) yang artinya bahwa penting diprioritaskan tindakan konservasinya agar jenis-jenis tersebut tidak punah.Kepadatan pohonnya sebanyak 583 pohon per-hektar lebih tinggi dibandingkan rata rata hutan hujan tropis di Sumatera bagian Utara lainnya. Jenis-jenis yang teridentifikasi di hutan dataran rendah terdapat jenis bunga langka dan dilindungi yaitu Bunga Padma (Raffesia sp.),Nepenthes sp. dan Amorphaphalus sp. Dan juga jenis-jenis endemik untuk Sumatera sepertiBaccaurea dulcis Merr., Hopea nigra Burck, Shorea platyclados Sloot. ex Foxw.

Selain itu lebih dari 100 jenis tumbuhan berpotensi untuk obat telah dikoleksi guna menyelamatkan jenis mikroba endofitik berupa mikroba jamur dan kapang yang hidup dalam jaringan tumbuhan dari kepunahan. Sampai saat ini juga telah dapat dikoleksi 1500 jenis mikroba yang terdiri dari jamur dan kapang. Mikroba tersebut bermanfaat, antara lain sebagai sumber obat-obatan, pupuk organik, bio-insektisida ataupun bio-fungsida yang menunjang sektor pertanian maupun penghasil enzim dan hormon yang dibutuhkan oleh sektor industri karena menghasilkan senyawa kimia aktif yang dapat memerangi beberapa bakteri pathogen yang menyebabkan penyakit pada manusia, seperti Echerichia coli, Bacillus sp. dan bakteri penyakit tanaman budidaya, seperti Xanthomonas campestris dan Pseudomas solanaceum.Disamping itu beberapa diantaranya mampu menghasilkan hormon tumbuh (indole acetic acid)dalam jumlah besar yang dapat digunakan untuk merangsang pertumbuhan tanaman budidaya (Sukirman H 2004).

Satwa langka yang dilindungi undang-undang dan konvensi internasional yang dijumpai di TNBG adalah harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae),  kambing  hutan (Naemorhedus sumatrensis), tapir (Tapirus indicus), kucing hutan (Catopuma temminckii), kancil (Tragulus javanicus), binturong (Arctitis binturong) beruang madu (Helarctos malayanus), rusa (Cervus unicolor) dan kijang (Muntiacus muntjac) dan landak (Hystix brachyura). Selain itu tim survei berhasil menernukan amfibi tak berkaki (Ichtyopis glutinosa) yang merupakan jenis satwa purba dan katak bertanduk tiga (Megophyris nasuta) yang sudah langka dan merupakan jenis yang hanya dapat dijumpai (endemik) di Sumatera.Dari keluarga amfibia terdapat katak bertanduk tiga (Megophrys nasuta dan sesilia (Ichtyophissp.), yaitu jenis amfibia tak bertungkai. Dari kelompok reptilia ada king cobra (Ophiophagus hannah) yang merupakan jenis ular berbisa terbesar di dunia.Jumlah burung di kawasan TNBG yang dapat ditemukan sampai saat ini adalah 247 jenis. Dari 247 jenis tersebut, 47 merupakan jenis burung yang dilindungi di Indonesia, 7 jenis secara global terancam punah, 12 jenis mendekati terancam punah, seperti jenis-jenis Sunda groundcuckoo, Salvadori pheasant, Sumatran cochoa. Crested fireback dan March finfoot. Dua jenis burung yang selama ini dikategorikan sebagai ‘kekurangan data’  (data deficient) oleh IUCN karena sedikitnya catatan, juga diternukan. Dari total jenis burung tersebut  13 merupakan jenis yang dikategorikan sebagai Burung Sebaran Terbatas diantaranya adalah paok Schneider (Pitta schneideri) dan kuau-kerdil Sumatera (Polyplectron chalcurum) yang berkontribusi pada terbentuknya Daerah Burung Endernik dan Daerah Penting bagi Burung (DPB). Kawasan TNBG juga merupakan salah satu lokasi transit burung-burung migran yang datang dari belahan burni utara. Bila hutan TNBG  tak segera dilindungi maka akan mempercepat kepunahan mereka.

Burung Lophura inornata (Salvadori pheasant) dan Pitta schneiderii (Schneider’s pitta) adalah jenis langka dan endemik untuk Sumatera. Jenis tersebut dapat ditemukan kembali  setelah hampir satu abad tidak tercatat dalam Daftar Jenis Burung Sumatera. Jenis burungCarpococcyx radiceus (“Sunda ground-cuckoo) ditemukan kembali untuk kedua kalinya setelah hampir lebih dari satu abad tidak diternukan dalam daftar burung Sumatera. Jenis ini sebelumnya hanya diketahui dari  spesimen di museum pada tahun 1912. Pertama kali jenis ini diternukan di Provinsi Bengkulu pada tahun 2000.

Selain itu, kawasan ini juga dikunjungi jenis-jenis burung migran, seperti jenis elang dan burung air. Ada dua jenis yang eksistensinya di Pulau Sumatera masih diragukan, tapi di TNBG dapat ditemukan, yaitu pendendang kaki sirip (Heliopais personata) dan rajawali (Aquila sp.).Sebanyak 14 jenis burung pemangsa juga ada di kawasan ini. Salah satu di antaranya, yakni baza hitam (Aviceda leuphotes) yang merupakan jenis pengunjung (migratory species).

Kelompok jenis dari keluarga Bucerotidae tercatat 8 jenis atau 90% dari jenis rangkong yang ditemukan di Pulau Sumatera, diantaranya Buceros rhinoceros, Rhinoplax vigil dan Aceros undulatus, Takur (keluarga Capitonidae, tercatat 5 jenis),

Pelatuk (Picidae, tercatat 12 jenis), dan luntur (Trogonidae, tercatat 3 jenis). Keberadaan jenis burung penyebar biji-bijian dapat membantu memperkaya keanekaragaman hayati dan regenerasi di kawasan hutan alam. Begitu juga dengan Rajawali totol (Aquila clanga), yang dapat dijumpai di TNBG. Jenis elang ini di Sumatera selama ini baru tercatat sekali, yakni di daerah Sumatera Selatan (Holmes 1996). Banyaknya jenis-jenis rangkong dapat menjadi indikasi bahwa kondisi hutan alam di TNBG masih baik dan masih terdapat hubungan mutualistik (saling menguntungkan.) yang relatif utuh antara jenis satwa penyebar biji tumbuhan dengan jenis tumbuhan tropis.

1.  Tumpang Tindih Kawasan dan KepentinganTN. Batang Gadis dengan luas 108.000 Ha hingga saat ini belum dilakukan penataan batas. Hal ini memiliki kelemahan besar karena secara legal formal, kawasan belum kuat keberadaannya. Disamping itu kawasan TNBG yang luasnya 26 % dari total luas wilayah Kabupaten Madina sangat rawan terhadap berbagai kepentingan, seperti adanya areal pertambangan dan perkebunan. Adanya kandungan tambang di dalam kawasan berupa emas, besi dan belerang mengundang yang berkompetan di dalamnya untuk berupaya mengelola.2.  Enclave dan Penduduk PendatangDalam TN. Batang Gadis dua fragmen enclave yang keduanya bernama Batahan. Adapun Desa Batahan adalah enclave yang terdapat pemukim di dalamnya. Disamping itu banyak pendatang yang membuka lahan dan menempatinya sebagai tempat tinggal.

3.  Penebangan liar, pencurian kayu dan hasil hutan lainnya

Penebangan liar masih saja terjadi di beberapa wilayah Taman Nasional, baik dilakukan secara individu maupun berkelompok. Tujuan utamanya adalah untuk mendapatkan hasil hutan yang berupa kayu bangunan, rotan, getah dan kayu berharga. Walaupun telah diupayakan dengan berbagai cara namun kegiatan perusakan belum sepenuhnya dapat dikendalikan. Ada beberapa hal yang menjadi akar masalah di kawasan Taman Nasional Batang Gadis antara lain tingkat pendapatan masyarakat sekitar yang minim serta pendidikan yang rendah, sehingga hutan merupakan alternatif yang pasti untuk digarap dan dapat lebih cepat dalam mendapatkan lahan untuk memenuhi kebutuhan hidupnya.

4.  Perambahan hutan

Kerusakan karena perambahan hutan masih terus terjadi dan hampir merata di seluruh kawasan Taman Nasional Batang Gadis.

5.  Pemukiman

Pemukiman liar banyak terjadi di kawasan TNBG mulai dari yang hanya terdiri dari beberapa orang sampai pada puluhan orang, seperti yang terjadi di Aek Nabara dan Aek Duo termasuk dalam SPTN Wilayah III, saat ini menjadi wilayah pemerintahan Desa dan juga di daerah Tangga Bosi termasuk dalam SPTN Wilayah I, yang dihuni oleh etnis Suku Nias yang berdiam di dalam kawasan TNBG sebanyak 80 KK.

6.  Penambangan

Tumpang tindih kawasan terhadap areal pertambangan yang terjadi di Wilayah TNBG yaitu adanya perusahaan pertambangan PT. Sorik Mas Minning (SMM) yang oleh Menhut telah dicabut ijinnya. PT. Butir Mutiara Indah (BMI) yang berlokasi di daerah SPTN Wilayah III sebagian arealnya masuk dalam kawasan. Namun oleh Pemda Kab. Madina Areal Pertambangan yang masuk dalam TNBG telah dikeluarkan dan telah direvisi ijin kontrak karyanya.

7.  Kebakaran hutan

Ancaman utama kebakaran hutan di TN. Batang Gadis adalah akibat kegiatan manusia seperti membakar lahan dan perambahan.

Sampai dengan 2007 gangguan kawasan hutan antara lain :

• Seluas 80 hektar antara lain di Blok Hutan Sirambas, Huta Bargot dan pendudukan kawasan oleh etnis Nias sejak tahun 1981 (100 KK) seluas ± 500 hektar di Sihayo.
• Tumpang tindih penggunaan kawasan dengan pertambangan (PT. Sorik Mas Manning) sampai saat ini penanganan oleh pusat.
• Adanya pembukaan jalan dalam kawasan sebelum ditetapkannya TNBG di Hutabargot sepanjang 12 Km oleh pemerintah daerah Madina.
• Adanya klaim masyarakat atas tanah adat/ulayat di dalam kawasan.
• Pemukiman dalam kawasan yang bukan merupakan enklave sudah ada sejak sebelum ditetapkannya TNBG.
• Rencana pengembangan jalan menuju enklave Batahan sepanjang 4 km oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Madina.
• Pengambilan hasil hutan non kayu secara illegal oleh masyarakat lokal.
• Adanya sarana dan prasarana non kehutanan yang didirikan sebelum terbentuknya Taman Nasional Batang Gadis berupa Menara Seismograf.